Drei Monate ist es her, seitdem Shin'ichi und Shiho der Organisation einen vernichtenden Schlag versetzt und sich gleichzeitig dazu entschieden haben, ihr Leben zusammen als Conan und Ai fortzusetzen. Doch der scheinbare Frieden trügt.
Der Schwarze Schatten der Organisation legt sich über Conan und seine Freunde. Ein neues Mitglied der Männer in Schwarz ist aufgetaucht und hat es auf den jungen Detektiven und besonders auf Ai abgesehen, da dieser ihre wahre Identität kennt.
„Bitte! Es ist meine letzte Chance!“
Er sah die Wissenschaftlerin eindringlich, fast schon flehend an. Fixierte sie regelrecht mit seinen Augen.
„Ich muss auf diesen Ball! Als Shinichi Kudô!“